みどろ沼[ DATA ] 水面標高790m 最大深度5m 面 積12,700平米
この沼の西側の水は青緑色に濁りフトヒルムシロの群落が広がる。それに対して東側は澄んでいてオヒルムシロが茂る。一つの沼で水質と生物相が異なっている沼。
毘沙門沼[ DATA ] 水面標高780m 最大深度13m 面 積150,000平米
五色沼最大の沼で探勝路の3分の1を占める他の沼に比べて酸性度か低いフトヒルムシロやフサモなどが生育し、沼の周辺ではシロヤナギやヤマナラシなどが多く生育している。
湖底にコケのマットが発達せず、フサモとフトヒルムシロの群落が特徴的な湖沼。プランクトンが豊富で、底生動物は沿岸部のヨシやヤナギ類の茂みの下に比較的多くの種類が生息し、魚類はアブラハヤとウグイが生息。
毘沙門沼の南東側につながる清水沼は、毘沙門沼と大きく水質が異なり、腐った落ち葉から染み出した水をたたえている。
毘沙門沼やみどろ沼では、一つの沼でも湖底からの湧水(わきみず)があり、場所により水質が異なり生育する水草の種類にも違いが見られる。